تخطَّ إلى المحتوى
التسلسل الجيني من الجيل التالي للسرطان - اختبار NGS للسرطان
الأورام الطبية

التسلسل الجيني من الجيل التالي للسرطان - اختبار NGS للسرطان

عن هذا القسم

 
الأورام الطبية

ورمان يبدوان متشابهين تحت المجهر قد تحركهما جينات مختلفة. اختبار NGS يقرأ هذه الجينات ويشير إلى الدواء المناسب.

التسلسل الجيني من الجيل التالي، أو NGS، اختبار مخبري يقرأ الـ DNA، وفي اللوحات الجينية الجيدة يقرأ الـ RNA أيضًا، في عشرات إلى مئات الجينات داخل الورم في وقت واحد. يبحث الاختبار عن الطفرات والاندماجات والتضخيمات الجينية التي تحرك السرطان، وعن مؤشرات مثل عدم استقرار السواتل المجهرية والعبء الطفري للورم التي تتوقع الاستجابة للعلاج المناعي. يصلح للاختبار نسيج من خزعة أو عملية أُجريت سابقًا، كما تصلح عينة دم. وتوصي الجمعية الأوروبية لطب الأورام اليوم باستخدام NGS على الورم في الرعاية المعتادة لعشر مجموعات من السرطانات المتقدمة، منها سرطان الرئة والبروستاتا والقولون والقنوات الصفراوية والمبيض والثدي (موسيلي وزملاؤه، Annals of Oncology، 2024). يمكن أن تفتح النتيجة الباب لدواء موجَّه، أو أن تُظهر أن دواءً معينًا لن ينفع، أو أن تكشف طفرة موروثة تهم أفراد العائلة، أو أن تؤهل المريض للمشاركة في تجربة سريرية. تشرح هذه الصفحة كيف يعمل NGS، وأي السرطانات تحتاج إليه، والعلاجات التي تتبع الجين بغض النظر عن موضع نشوء السرطان، واختبار الأنسجة واختبار الدم، والخطوات والمدة الزمنية، وكيف تقرأ التقرير، وكيف يمكن للمرضى في الخارج إرسال العينات إلى مستشفى جامعة بيروني في إسطنبول.

10
مجموعات من السرطانات المتقدمة توصي ESMO باستخدام NGS على الورم فيها في الممارسة المعتادة حتى عام 2024
75
نسبة المرضى الذين لديهم اندماج NTRK، في 17 نوعًا من الأورام، والذين تراجع حجم أورامهم مع لاروتريكتينيب
17.5
نسبة مرضى السرطان المتقدم الذين تبيّن بتسلسل الورم والدم معًا أنهم يحملون جينًا سرطانيًا موروثًا
مراجعة مجانية
مراجعة تقرير الأنسجة (التشريح المرضي) ونتائج الجينات المتوفرة لديك من قبل فريق الأورام الطبية
استشارة أولية مجانية

ما هو اختبار NGS

كانت الاختبارات القديمة تفحص جينًا واحدًا في كل مرة، وكان كل اختبار يستهلك جزءًا من خزعة صغيرة. أما التسلسل الجيني من الجيل التالي فيقرأ ملايين القطع القصيرة من الـ DNA بالتوازي ويقارنها بالتسلسل البشري الطبيعي، فتغطي جلسة واحدة جينات كثيرة من عينة واحدة. ثم يسرد الحاسوب كل اختلاف يجده، ويحدد أخصائي علم الأمراض الجزيئي أي هذه الاختلافات مهم.
ما يمكن أن يكشفه اختبار NGS
نوع التغير ما يعنيه مثال
طفرة نقطية تغير حرف واحد من شيفرة الـ DNA EGFR L858R في سرطان الرئة، و BRAF V600E
اندماج جيني انكسار جينين واتصالهما، فينتج بروتين غير طبيعي اندماجات ALK و ROS1 و RET و NTRK
تضخيم جيني نسخ إضافية من الجين HER2 و MET
مؤشرات على مستوى الجينوم أنماط ممتدة على جينات كثيرة عدم استقرار السواتل المجهرية، والعبء الطفري للورم، ونقص الإصلاح بالاستعادة المتماثلة
تُكتشف الاندماجات الجينية بموثوقية أعلى عندما يقرأ الاختبار الـ RNA إلى جانب الـ DNA، واللوحات الجينية الجيدة تقرأ الاثنين.

حجم اللوحة الجينية

أنواع اختبارات الجينات
الاختبار الجينات المقروءة الاستخدام المعتاد
اختبار جين واحد، PCR جين واحد أو بضع مناطق ساخنة إجابة سريعة عن سؤال واحد، مثل EGFR
لوحة NGS موجَّهة من 50 إلى 500 جين الرعاية المعتادة في السرطان المتقدم
الإكسوم الكامل أو الجينوم الكامل جميع الجينات البحث العلمي وحالات نادرة منتقاة
لوحة جينية شاملة على عينة واحدة تغني عن سلسلة من الاختبارات المنفردة، وتوفر النسيج، وتعطي الصورة الكاملة قبل أول قرار علاجي.

السرطانات التي تحتاج إليه

اختبار NGS على الورم الذي توصي به ESMO في السرطان المتقدم
السرطان الجينات والمؤشرات الرئيسية العلاجات التي تتيحها
سرطان الرئة غير الحرشفي EGFR، ALK، ROS1، BRAF، KRAS G12C، MET، RET، NTRK، HER2 أوسيميرتينيب وأليكتينيب ولورلاتينيب وأقراص موجَّهة أخرى
سرطان البروستاتا BRCA1 و BRCA2 وجينات إصلاح أخرى أولاباريب ومثبطات PARP الأخرى
سرطان القولون والمستقيم RAS، BRAF، MSI، HER2 الأجسام المضادة المثبطة لـ EGFR، وإنكورافينيب، والعلاج المناعي
سرطان القنوات الصفراوية IDH1، FGFR2، BRAF، HER2، MSI إيفوسيدينيب ومثبطات FGFR
سرطان المبيض BRCA1، BRCA2، نقص الإصلاح بالاستعادة المتماثلة مثبطات PARP
سرطان الثدي PIK3CA، ESR1، AKT1، PTEN، BRCA ألبيليسيب، كابيفاسيرتيب، إيلاسيسترانت
الأورام اللحمية المعدية المعوية (GIST)، والساركوما، وسرطان الغدة الدرقية، والسرطان مجهول المنشأ KIT، PDGFRA، RET، BRAF، NTRK وغيرها إيماتينيب وسيلبيركاتينيب وغيرهما
توصي ESMO باختبار NGS على الورم في سرطان الرئة غير الحرشفي والبروستاتا والقولون والمستقيم والقنوات الصفراوية والمبيض في مراحله المتقدمة، ومنذ 2024 في سرطان الثدي المتقدم أيضًا وفي أورام نادرة مثل الأورام اللحمية المعدية المعوية والساركوما وسرطان الغدة الدرقية والسرطان مجهول المنشأ (موسيلي وزملاؤه، 2024).

علاجات تصلح لأي نوع من السرطان

الموافقات غير المرتبطة بنوع الورم

هناك أدوية قليلة مُعتمدة لتغير جيني معين أينما نشأ السرطان، في الثدي أو البنكرياس أو الغدة اللعابية. هذه التغيرات نادرة في أي سرطان بمفرده، بنسبة بضعة بالمئة أو أقل، ولذلك لا تُكتشف إلا إذا بحث عنها أحد. وتوصي ESMO باختبار NGS لهذه الأهداف في أي سرطان منتشر يتوفر فيه الدواء المطابق.
تغيرات جينية تُعالج بغض النظر عن نوع الورم
النتيجة الدواء التكرار
اندماج NTRK لاروتريكتينيب، إنتريكتينيب، ريبوتريكتينيب أقل من 1% في السرطانات الشائعة، وشائع جدًا في بعض السرطانات النادرة
عدم استقرار السواتل المجهرية المرتفع أو نقص إصلاح عدم التطابق بيمبروليزوماب، دوستارليماب نحو 4% من السرطانات المتقدمة، وأكثر في سرطان الرحم والقولون
عبء طفري مرتفع للورم بيمبروليزوماب يتفاوت كثيرًا حسب نوع السرطان
BRAF V600E دابرافينيب مع تراميتينيب شائع في الميلانوما والغدة الدرقية، ونادر في غيرها
اندماج RET سيلبيركاتينيب 1 إلى 2% من سرطانات الرئة، ونادر في غيرها
بلغ معدل الاستجابة الكلي لـ لاروتريكتينيب 75% بين 55 مريضًا لديهم 17 نوعًا مختلفًا من الأورام الموجبة لاندماج TRK، وتراوحت أعمارهم بين 4 أشهر و76 عامًا (دريلون وزملاؤه، 2018).

لماذا اختبار واحد بدل اختبارات متعددة

النسيج ينفد بسرعة.

قد لا تعطي خزعة الرئة المأخوذة بالإبرة سوى بضعة ملّيمترات من الورم، وكل اختبار لجين واحد يقتطع شرائح من القالب نفسه. وفحص EGFR ثم ALK ثم ROS1 ثم PD-L1 واحدًا بعد الآخر قد يستهلك العينة قبل الإجابة عن السؤال الأخير، والخزعة الثانية تعني إجراءً جديدًا وأسابيع من التأخير ينمو السرطان خلالها. والوقت يضيع أيضًا. فالاختبار المتسلسل يستغرق وقتًا أطول في المجموع، لأن كل نتيجة تستدعي الطلب التالي. أما لوحة جينية واسعة تُطلب عند التشخيص فتجيب عن كل الأسئلة الحالية في وقت واحد، ويعيد المختبر قراءة البيانات المخزَّنة عند اعتماد دواء جديد لجين كان موجودًا أصلًا في اللوحة. وقد وجدت دراسات في سرطان الرئة أن استراتيجيات الجين الواحد تفوّت جزءًا من التغيرات القابلة للاستهداف التي تكشفها اللوحة الواسعة، لمجرد أن الجين المعني لم يُفحص أبدًا.

وتوفير الوقت يكون أهم ما يكون في السرطانات سريعة النمو.

النسيج أو الدم

1
النسيج أولًا
العينة القياسية هي نسيج الورم المثبَّت بالفورمالين والمغمور في البارافين، أي القالب نفسه الذي استخدمه أخصائي علم الأمراض للتشخيص. يحدد الأخصائي المنطقة الأغنى بالورم، وتحتاج معظم اللوحات الجينية إلى 20% على الأقل من الخلايا الورمية في العينة. وغالبًا ما تصلح القوالب التي يصل عمرها إلى عدة سنوات، مع أن الأحدث أفضل.
اختبار NGS على النسيج والخزعة السائلة
الخصائص NGS على النسيج الخزعة السائلة
العينة خزعة أو قالب جراحي أنبوبان من الدم
مدة النتيجة نحو أسبوعين نحو أسبوع واحد
الاندماجات وتغيرات عدد النسخ تُكتشف بشكل جيد تُكتشف بموثوقية أقل
النتيجة السلبية موثوقة عندما تكون نسبة الورم كافية لا تنفي وجود طفرة إذا كان الورم يطلق قليلًا من الـ DNA
أفضل استخدام الخيار الأول عند التشخيص عند قلة النسيج، أو خطورة الخزعة، أو لمتابعة المقاومة

حالات استخدام الدم

هل يمكن أن يحل اختبار الدم مكان الخزعة؟
ليس في التشخيص، فهو ما زال يحتاج إلى نسيج. أما في اختبار الجينات، فالخزعة السائلة تقرأ قطع الـ DNA الورمي الدائرة في الدم، وتُسمى ctDNA. النتيجة الإيجابية موثوقة ويمكن البدء بالعلاج على أساسها، وفي سرطان الرئة ترسل مراكز كثيرة الدم والنسيج في الوقت نفسه لتوفير بعض الأيام. وإذا جاءت نتيجة الدم سلبية، يُتبع ذلك باختبار النسيج. كما تتابع اختبارات الدم كيف يتغير السرطان أثناء العلاج، مثل طفرات مقاومة EGFR التي تظهر مع أوسيميرتينيب، دون الحاجة إلى خزعة جديدة.

كيف يُجرى الاختبار

1
من القالب إلى التقرير
يطلب طبيب الأورام الاختبار، ويختار أخصائي علم الأمراض أفضل قالب. تُقطع شرائح رقيقة، وتُكشط منطقة الورم، ويُستخلص الـ DNA والـ RNA وتُفحص جودتهما. ثم تُحتجز جينات اللوحة وتُنسخ وتُقرأ على جهاز التسلسل. يرتب البرنامج القراءات ويسرد التغيرات، ويراجع أخصائي علم الأمراض الجزيئي كل تغير بالمقارنة مع قواعد البيانات والأدبيات الطبية قبل توقيع التقرير.

المدة الزمنية

جدول زمني نموذجي
الخطوة المدة ملاحظة
الحصول على القالب أو شحنه من يوم إلى خمسة أيام تطول المدة عندما يكون القالب محفوظًا في مستشفى آخر
الاستخلاص والتسلسل من خمسة إلى سبعة أيام تُعاد الجلسة الفاشلة إذا كان النسيج يسمح بذلك
التحليل والتقرير من يومين إلى أربعة أيام تُحال النتائج المعقدة إلى مجلس الأورام الجزيئي

قراءة التقرير

مصطلحات في تقرير NGS
المصطلح المعنى أهميته
نسبة الأليل المتغيّر حصة قراءات الـ DNA التي تحمل التغير نحو 50% قد تشير إلى طفرة موروثة
متغيّر ذو دلالة غير مؤكدة تغير لا يُعرف تأثيره لا يُبنى عليه قرار، وقد يُعاد تصنيفه لاحقًا
العبء الطفري للورم عدد الطفرات في كل مليون حرف من الـ DNA قيمة 10 أو أكثر قد تتوقع الاستجابة للعلاج المناعي
MSI-high فقدان نظام تصحيح أخطاء الـ DNA استجابة قوية للعلاج المناعي
قابل للاستهداف العلاجي مرتبط بدواء معتمد أو بتجربة سريرية هذه هي النتائج التي تغير العلاج
  • التغيرات المكتشفة، مرتبة حسب قوة الدليل الذي يربطها بعلاج ما.
  • الأدوية والتجارب السريرية المطابقة.
  • المؤشرات على مستوى الجينوم، مع ملاحظة إذا كانت العينة أصغر من أن تسمح بتقييمها.

مستويات الدليل

تصنّف ESMO كل نتيجة على مقياس يُسمى ESCAT. المستوى الأول يعني أن هناك دواءً أُثبت نفعه لهذا التغير في هذا السرطان وجاهزًا للاستخدام المعتاد. والمستويات الأدنى تعني أن الدليل مأخوذ من نوع آخر من الأورام أو من دراسات مبكرة، وأن النتيجة سبب للبحث عن تجربة سريرية لا لوصف الدواء.
مستويات ESCAT بكلمات بسيطة
المستوى المعنى الإجراء
I فائدة مثبتة في هذا السرطان استخدام الدواء المطابق
II دليل واعد في انتظار التأكيد يُدرس، في تجربة سريرية عادة
III مثبت في نوع آخر من السرطان تجربة سريرية أو مناقشة الاستخدام خارج نطاق الموافقة
من IV إلى X دليل مخبري فقط، أو لا دليل لا إجراء خارج البحث العلمي

النتائج الموروثة

يقرأ اختبار الورم الـ DNA الخاص بالسرطان، لكن بعض ما يجده كان موجودًا من الميلاد في كل خلية. فطفرة BRCA2 في سرطان البروستاتا، مثلًا، قد تكون موروثة، وقد يحملها الأشقاء والشقيقات والأبناء أيضًا.
من بين 1,040 مريضًا بسرطان متقدم، كان لدى 182 مريضًا (17.5%) طفرات قابلة للاستهداف سريريًا تزيد القابلية للسرطان، ولم تكن هذه الطفرات ستُكتشف لدى 101 مريض (9.7%) بالاعتماد على الإرشادات السريرية (مانديلكر وزملاؤه، JAMA، 2017).
بعض اللوحات الجينية تحلل عينة دم إلى جانب الورم للتمييز بين الاثنين. وعندما يُفحص الورم وحده وتظهر نتيجة مشتبه بها، يؤكد اختبار الدم ما إذا كانت موروثة. ويختار المرضى مسبقًا ما إذا كانوا يريدون معرفة النتائج الموروثة.
1
الاستشارة الوراثية
الطفرة الموروثة المؤكدة تؤدي إلى موعد استشارة وراثية، يشرح الخطر على الأقارب، والفحوص الدورية أو الجراحة الوقائية التي قد تفيدهم، وكيف يمكن لأفراد العائلة إجراء الاختبار في بلدهم.

عندما لا يُعثر على شيء

عدم وجود تغير قابل للاستهداف

عند كثير من المرضى يجد التقرير تغيرات تحرك السرطان لكن لا يوجد لها دواء معتمد بعد. ومع ذلك توجّه هذه النتيجة الرعاية. فهي تؤكد أن العلاج الكيميائي أو المناعي المعتاد هو المسار الصحيح، وتجنّب المريض دواءً موجَّهًا لن ينفعه. وتبقى البيانات محفوظة، وقد تجعل موافقة جديدة على دواء ما تقريرًا قديمًا مفيدًا من جديد.
وماذا لو فشل الاختبار؟
يفشل نحو واحد من كل عشر عينات نسيجية، غالبًا لأن نسبة الورم كانت قليلة جدًا أو لأن الـ DNA تضرر بالتثبيت. يجرب الفريق بعد ذلك قالبًا آخر، أو يرسل خزعة سائلة، أو ينظم خزعة جديدة إذا كانت الإجابة ستغير العلاج.

اختبارات لا يغني عنها NGS

اختبارات تُجرى بالتصبيغ إلى جانب NGS
الاختبار السرطان سبب كونه منفصلًا
مستقبلات الإستروجين والبروجسترون، و HER2 الثدي والمعدة مستويات بروتينية تُقاس بتصبيغ النسيج
PD-L1 الرئة والمعدة والرأس والرقبة وعنق الرحم وغيرها يوجّه العلاج المناعي، ويُقاس بالتصبيغ
بروتينات إصلاح عدم التطابق القولون والرحم وغيرهما فحص تصبيغ سريع يكمل تقييم MSI باختبار NGS
HER2 المنخفض والمنخفض جدًا الثدي درجات تصبيغ تحدد استخدام تراستوزوماب ديروكستيكان
اختبار NGS يقرأ الجينات. والتصبيغ يقيس البروتينات. والاثنان ضروريان لتخطيط علاج السرطان الحديث.
يجري أخصائي علم الأمراض اختبارات التصبيغ على القالب نفسه، ويراجع طبيب الأورام النتيجتين معًا.
1
مجلس الأورام الجزيئي
تُناقش النتائج غير المعتادة أو المعقدة من قبل أطباء الأورام وأخصائيي علم الأمراض وعلماء الوراثة معًا، فيطابقونها مع الأدوية والتجارب السريرية ويكتبون توصية واحدة للطبيب المعالج.

إعادة الاختبار

السرطان يتغير أثناء العلاج.

عندما يتوقف الدواء الموجَّه عن العمل، يجد اختبار جديد السبب، وهو طفرة ثانية في الجين نفسه أو انتقال إلى مسار آخر، ويشير إلى الدواء التالي. والخزعة السائلة مناسبة جدًا لهذا الغرض. أما الخزعة النسيجية الجديدة من بؤرة متنامية فتعطي الإجابة الأكمل عندما تكون آمنة.

والتوقيت مهم أيضًا. فالاختبار عند التشخيص يحدد العلاج الأول. والاختبار مرة أخرى عند تقدم المرض يحدد العلاج الثاني، وفي سرطان الرئة المصحوب بطفرة EGFR أصبح البحث عن تغير المقاومة المسمى C797S أو عن تضخيم جديد في MET جزءًا من المتابعة المعتادة في المراكز التي تعالج المرضى بالعلاج الموجَّه على مدى سنوات.

للمرضى في الخارج

إرسال العينات دون السفر

اختبار NGS من الخدمات القليلة التي لا تتطلب رحلة. يرسل مستشفاك قالب البارافين، أو شرائح غير مصبوغة مقطوعة منه، بالبريد السريع مع تقرير الأنسجة (التشريح المرضي)، كما يمكن سحب عينة دم للخزعة السائلة في بلدك وشحنها في أنابيب خاصة تحفظ الـ DNA مستقرًا عدة أيام. ويصل التقرير إليك وإلى طبيب الأورام الذي يتابعك. ثم تشرح لك استشارة بالفيديو مع طبيب الأورام لدينا ما تعنيه النتيجة لعلاجك، وما ينبغي أن تطلبه من أطبائك في بلدك، وما إذا كانت هناك تجربة سريرية تستحق الدراسة.

1
مدة الإقامة في حال الحضور شخصيًا
نحو أسبوعين. وتغطي هذه المدة الاستشارة والخزعة إن احتجت إليها والاختبار نفسه. ويمكن للمرضى السفر والعودة إلى بلدهم في اليوم التالي لمعظم الخزعات بالإبرة، ويمكن مناقشة النتائج بالفيديو بعد عودتك إلى بلدك.
يتولى منسق واحد من مكتب المرضى الدوليين كل الترتيبات من أول رسالة حتى الخروج من المستشفى، ويجيب على رقم WhatsApp نفسه بعد عودتك إلى بلدك. يعمل المكتب بالإنجليزية والعربية والفرنسية والروسية والصربية والرومانية والإسبانية ويرتب مترجمين للغات الأخرى، كما يجهّز خطاب دعوة التأشيرة والنقل من المطار وإليه والتنقل اليومي والإقامة قرب المستشفى. وتتوفر وجبات حلال ونباتية ومناسبة لمرضى السكري، ومصلى داخل المستشفى، وطبيبة عند الطلب حيث يسمح جدول العمل.

التكلفة

ما يشمله عرض السعر لاختبار NGS
البند مشمول يُحسب سعره منفصلًا
الاختبار تسلسل اللوحة الجينية المتفق عليها، الـ DNA والـ RNA حيث يُنص على ذلك جلسة ثانية على قالب آخر، والخزعة السائلة
التفسير تقرير أخصائي علم الأمراض الجزيئي، ومراجعة مجلس الأورام للنتائج المعقدة الاستشارة الوراثية وتأكيد النتائج الموروثة بتحليل الدم
الاستشارة شرح النتيجة من طبيب أورام العلاج الذي يلي ذلك
يتوقف السعر على حجم اللوحة الجينية، وعلى قراءة الـ RNA أو عدمها، وعلى تحليل الدم إلى جانب الورم أو عدمه.
1
قبل مقارنة عروض الأسعار
اسأل كم جينًا تقرأ اللوحة، وهل تكشف الاندماجات عبر الـ RNA، وهل تذكر تقييم MSI والعبء الطفري للورم، وكم تستغرق النتيجة.
اللوحة الصغيرة الأرخص التي تفوّت الجين المعني تكلف أكثر في النهاية.
يرتب المنسق شحن القوالب وأنابيب الدم، ويُذكر ذلك في عرض سعر الاختبار.

المراجع

  1. Mosele MF, Westphalen CB, Stenzinger A, et al. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024. A report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol. 2024;35(7):588-606.
  2. Drilon A, Laetsch TW, Kummar S, et al. Efficacy of larotrectinib in TRK fusion-positive cancers in adults and children. N Engl J Med. 2018;378(8):731-739.
  3. Mandelker D, Zhang L, Kemel Y, et al. Mutation detection in patients with advanced cancer by universal sequencing of cancer-related genes in tumor and normal DNA vs guideline-based germline testing. JAMA. 2017;318(9):825-835.
  4. Zehir A, Benayed R, Shah RH, et al. Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients. Nat Med. 2017;23(6):703-713.

ملاحظة المحرر

كُتب بواسطة فريق التحرير الطبي في مستشفى بيروني. تمت مراجعته من قبل الأستاذ الدكتور Özcan YILDIZ، الأورام الطبية.

علاجات ذات صلة

عرض الكل